重组胶原蛋白在印尼研发时，与机构合作是非常推荐的做法。这是因为机构能够提供多方面的支持，帮助确保研发过程的顺利进行，并增加产品成功注册和上市的可能性。

首先，机构通常具备丰富的行业经验和知识，能够提供关于印尼医疗器械市场的深入了解和指导。这包括了解市场需求、竞争状况、法规要求等方面，从而帮助研发者更好地定位产品和制定研发策略。

其次，机构可以提供技术支持和研发资源。他们可能拥有先进的实验设备和实验室设施，能够提供高质量的测试和分析服务。同时，他们的团队也可能具备在重组胶原蛋白领域的知识和技能，能够提供技术指导和解决方案，帮助解决研发过程中遇到的技术难题。

此外，机构还可以协助完成注册申请和与监管机构的沟通。他们熟悉印尼的医疗器械注册流程和法规要求，能够协助准备申请文件、处理申请过程中的问题和反馈，以及代表研发者与监管机构进行沟通和协商。这有助于加快注册进程，提高申请成功率。

需要注意的是，选择与机构合作时，研发者应仔细评估机构的资质、信誉和经验，确保合作关系的可靠性和有效性。同时，合作过程中应明确双方的权益和责任，确保合作顺利进行。