重组胶原蛋白在印尼申请GMP质量体系审核流程主要包括以下环节：

准备申请材料：企业需要准备完整的申请材料，包括企业资质证明、产品生产和质量控制等方面的文件和资料。这些文件应详细展示企业的生产流程、设备设施、人员培训、质量控制措施等，以证明其符合GMP的要求。

提交申请：将准备好的申请材料提交给印尼相关的监管机构或审核机构。

申请材料审查：审核机构会对申请材料进行详细审查，确认是否符合申请要求。如果申请材料不完整或存在问题，审核机构可能会要求企业进行补充或修改。

现场审核：如果申请材料符合要求，审核机构会安排现场审核。这包括对生产场所、设施设备、生产工艺、质量管理制度等的实地检查和审核。同时，审核团队还可能对质量管理团队进行面试，以了解企业的质量管理情况。

审核报告和意见反馈：审核结束后，审核机构会出具审核报告，并向申请人提供审核意见和建议。如果发现问题或不符合要求之处，会要求申请人进行整改。

整改和复审：企业需要根据审核意见进行整改，并向审核机构提交整改报告和相关证明材料。审核机构会对整改情况进行评估，如果符合要求，则进行复审。

颁发证书：如果企业通过了所有的审核和复审环节，审核机构会根据审核结果决定是否颁发GMP质量体系认证证书。