要在日本申请ISO 9001质量管理体系认证，您可以按照以下步骤进行：

准备: 在准备申请ISO 9001认证之前，您需要确保您的组织已经建立了符合ISO 9001标准要求的质量管理体系，并且已经进行了内部审核和改进。

选择认证机构: 在日本有许多认证机构可以选择，这些机构应该被认可并有资质执行ISO 9001认证。您可以通过检查其认证资质、经验和声誉来选择合适的认证机构。

提交申请: 一旦确定了认证机构，您可以向其提交ISO 9001认证申请。通常，申请需要填写申请表格并支付相应的费用。

初步评估: 认证机构可能会进行初步评估，以确定您的组织是否已经建立了符合ISO 9001标准的质量管理体系。这可能包括文件审查和现场评估。

现场评估: 认证机构会安排一组审核员进行现场评估，他们会检查您的组织实际运作的质量管理体系，并与ISO 9001标准进行比较。

改进和跟踪: 如果在评估过程中发现任何不符合ISO 9001标准的问题，您的组织需要采取纠正和预防措施。认证机构可能会要求您提交改进计划，并进行后续跟踪。

认证决定: 完成评估后，认证机构会根据评估结果做出认证决定。如果您的组织符合ISO 9001标准的要求，认证机构会颁发认证证书。

维持认证: 一旦获得认证，您的组织需要继续维护和改进质量管理体系，以确保其持续符合ISO 9001标准的要求。定期进行内部审核和认证审核是维持认证的关键。