胶原蛋白办理日本PMDA注册流程中的关键步骤包括：

确定产品分类：首先需要确定胶原蛋白产品是药品还是医疗器械，并确定其具体分类。不同的产品类别将适用于不同的注册法规和程序。

确认适用法规：根据产品的分类和用途，确认适用的日本法规和规定。不同类型的产品可能需要遵循不同的法规和要求。

准备注册申请：根据PMDA的要求，准备详细的注册申请材料。这些材料可能包括但不限于产品说明书、技术资料、质量管理体系、生产工艺、临床试验数据（如果适用）以及产品标签等。

提交注册申请：将准备好的申请材料提交给PMDA。申请通常通过在线系统进行，确保按照指定格式和要求提交。

初步审查：PMDA将对申请进行初步审查，以确保申请材料的完整性和准确性。

技术评估：PMDA将对产品的技术资料和临床试验数据（如果适用）进行评估，确保产品的安全性和有效性。

质量评估：PMDA将评估产品的质量管理体系，确保产品符合质量标准和要求。

审查意见反馈：根据对申请材料的评估，PMDA可能会提出问题、要求补充材料或提供进一步的解释。

GMP检查：对于药品注册，PMDA还可能进行现场GMP（Good Manufacturing Practice）检查，确保生产工艺和设施符合质量要求。

终批准：如果申请符合所有要求并通过了审查过程，PMDA将终批准注册申请，允许在日本市场上销售产品。