是的，胶原蛋白办理日本PMDA注册通常需要在日本进行临床试验。这是因为PMDA要求对在日本市场上销售的药品和医疗器械进行全面的安全性和有效性评估。

日本的临床试验必须由经过PMDA认证的机构进行，并遵循日本的药品和医疗器械法规。这些法规对临床试验的伦理要求、操作程序、数据报告等方面都有严格的规定。

因此，如果您计划在日本市场上销售胶原蛋白产品，建议您与PMDA认证的临床试验机构合作，以确保您的产品符合日本的法规要求，并且能够顺利完成PMDA注册。