办理胶原蛋白菲律宾PFDA注册需要准备以下资料：

申请表：填写完整的菲律宾PFDA注册申请表，包括产品基本信息、成分列表、生产过程、质量控制等方面的信息。

证明文件：提供公司的基本证明文件，如营业执照、税务登记证等。

产品质量报告：提供产品的质量报告，包括产品检测报告、安全性评估报告等。

生产流程文件：提供产品的生产流程文件，包括生产工艺流程图、原料来源证明、生产环境卫生证明等。

标签和包装材料：提供产品的标签和包装材料，包括产品名称、成分列表、生产日期、保质期、使用说明等。

样品：提供一定数量的产品样品，以供菲律宾PFDA进行抽检或测试。

在准备上述资料时，需要注意以下几点：

资料的真实性和准确性：确保所提供资料的真实性和准确性，不得有任何虚假或误导性的信息。

符合菲律宾标准：确保产品符合菲律宾的相关标准和规定，特别是对于进口产品，需要满足菲律宾的进口要求和标准。

完整性和规范性：确保所提供资料的完整性和规范性，不得遗漏任何必要的文件或信息，同时文件格式和内容要符合菲律宾PFDA的要求。