胶原蛋白办理菲律宾PFDA注册需要的质量管理体系通常包括以下几个方面：

质量管理体系：建立和完善质量管理体系，确保胶原蛋白产品的生产过程符合相关法规和标准。质量管理体系应包括质量方针、质量目标、质量策划、质量控制、和质量改进等方面的要求。

文件记录管理：建立文件记录管理制度，确保申请资料的真实性、完整性和准确性。所有与胶原蛋白产品相关的文件和记录都应妥善保存，以便在需要时进行追溯和审查。

生产过程控制：确保胶原蛋白产品的生产过程符合相关法规和标准，包括原料的采购、生产工艺的控制、中间品和成品的检验等方面的要求。生产过程中应严格控制关键工艺参数，确保产品质量稳定。

设备设施管理：建立设备设施管理制度，确保生产设备、检验设备和设施的完好性和可靠性。设备设施应定期进行维护和保养，确保其正常运行和使用效果。

人员培训和管理：建立人员培训和管理制度，确保从事胶原蛋白产品生产和质量管理的人员具备相应的能力和素质。应定期进行培训和考核，提高人员的技能水平和工作责任心。

质量安全监测：建立质量安全监测制度，对胶原蛋白产品进行持续的质量安全监测，及时发现并处理存在的质量问题。监测数据应妥善保存，以便进行追溯和分析。

不合格品控制：建立不合格品控制制度，对不合格品进行标识、隔离、评审和处理。应分析不合格的原因，采取有效的纠正和预防措施，防止类似问题再次发生。