在印度尼西亚，BPOM（Badan Pengawasan Obat dan Makanan，药品和食品监管局）是负责监管药品、食品、化妆品等产品的机构。因此，胶原蛋白办理印度尼西亚BPOM注册所需的证书将由BPOM发放。

在提交注册申请后，BPOM将对申请进行审核，包括评估产品的安全性、有效性以及符合相关法规和标准的情况。如果申请获得批准，BPOM将发放注册证书，允许您在印度尼西亚市场上合法销售和使用胶原蛋白产品。

请注意，具体的注册流程和要求可能会因产品类型、注册类别以及当地法规的变化而有所不同。因此，在办理注册之前，建议与当地的法律顾问或药品注册专家进行咨询，以确保您的申请符合BPOM的要求并获得成功批准。