核酸分析仪在日本申请注册需要遵循一系列复杂的流程。日本的医疗器械监管是日本厚生劳动省医疗器械和生活环境局（PMDA）。以下是一般的流程概述：

1. 确定分类：
确定医疗器械的分类，例如是属于首先类、第二类还是第三类。这将决定注册申请所需的文件和测试。

2. 编制申请文件：
收集并准备详细的技术文件，包括设备规格、性能验证、安全性能、临床试验数据等。文件需要符合日本医疗器械法规的要求。

3. 进行性能评估：
提交申请并进行性能评估，可能需要进行一系列实验和测试来验证设备的安全性和有效性。

4. 日本FDA注册申请递交：
将申请文件递交给日本PMDA，提交注册申请，申请人需要支付相应的费用。

5. 审核和审查：
PMDA会对提交的文件进行审核和审查。可能需要与PMDA进行沟通，并提供额外的信息或文件。

6. 批准和注册：
如果申请通过审查，PMDA会发出批准，并将医疗器械注册在日本市场上销售和使用。

7. 后续监管：
获得注册后，仍需遵守监管要求，包括定期报告、更新申请等。

这个过程可能会因申请类型、设备复杂性、技术性质和文件完整性等因素而有所不同。日本医疗器械法规和流程都在不断更新，以医疗器械的安全性和有效性。如果有更具体的信息需求，较好咨询的法律或医疗器械咨询公司。