日本的医疗器械管理由厚生劳动省（MHLW）和医疗器械管理厅（PMDA）负责监管。申请日本FDA（PMDA）注册的核酸分析仪需要符合严格的质量管理体系要求，主要包括：

1. ISO认证: 申请者需要符合ISO 13485质量管理体系的要求，产品符合医疗器械的质量标准。

2. 风险管理: 必须提交产品风险管理计划和报告，包括识别、评估和控制产品可能产生的风险的方法。

3. 质量保障和控制: 需要提供质量保障和控制的相关文件，产品在制造和交付过程中的质量和一致性。

4. 技术文件: 提供完整的技术文件，包括产品规格、设计和测试报告等。

5. 临床试验数据: 如果进行了临床试验，需要提供相关数据，证明产品的安全性和有效性。

6. 制造工艺和工厂检查: PMDA可能会对制造工艺和生产工厂进行检查，符合规定。

7. 注册申请文件: 提交完整的注册申请文件，包括技术文件和质量管理体系文件等。

以上是一般情况下申请日本FDA（PMDA）注册所需的质量管理体系要求。具体要求可能因产品类型和特殊性而有所不同，建议在申请过程中与相关和顾问密切合作，满足所有要求。