诊断试剂申请国内注册需要准备的质量管理手册和程序文件通常包括以下内容：

质量管理手册（Quality Manual）：质量管理手册是整个质量管理体系的核心文件，用于描述组织的质量政策、质量目标、质量体系的组织结构和职责、质量管理的程序和流程等内容。

质量管理程序文件（Quality Procedures）：质量管理程序文件是质量管理体系中具体操作程序的文件，用于规范各项质量管理活动的操作步骤和要求。常见的质量管理程序文件包括：

样品接收、标识和记录程序

原材料采购和验收程序

生产过程控制程序

产品检验和测试程序

不合格品处理程序

记录和文件控制程序

内部审核程序

不符合品纠正和预防措施程序

紧急事件应对程序等

质量记录文件（Quality Records）：质量记录文件用于记录各项质量管理活动的执行情况和结果，包括但不限于产品检验记录、原材料采购记录、生产过程控制记录、不合格品处理记录、内部审核记录等。

标准操作程序（Standard Operating Procedures，SOPs）：标准操作程序是具体操作步骤的文件，用于规范某项具体工作活动的执行过程。例如，样品处理操作程序、设备操作程序、清洁和消毒程序等。

以上是一般情况下可能需要准备的质量管理手册和程序文件，具体要求可能会根据不同国家或地区的法规、标准和注册机构的要求而有所不同。申请者应当根据当地的法规和要求，准备和提交符合要求的质量管理手册和程序文件。