胶原蛋白申请国内注册的有效期通常是五年。根据《医疗器械监督管理条例》等相关法规，医疗器械注册证书的有效期为五年，注册证书有效期届满后，注册人可以申请延续注册，经审查合格后可以颁发新的注册证书。