应对巴西ANVISA审批重组胶原蛋白产品提出的问题，申请企业可以采取以下措施：

仔细审查问题：首先，申请企业应仔细审查ANVISA提出的问题，充分理解问题的内容和要求。

及时回复：申请企业应尽快给予回复，并提供符合要求的答复和信息。及时性是非常重要的，以避免延误审批进程。

配合调查：如果ANVISA需要进行现场审计或调查，申请企业应积极配合，提供必要的支持和协助。

提供解决方案：对于提出的问题，申请企业应提供具体的解决方案和改进措施，以解决问题并产品的质量、安全性和有效性。

保持沟通：与ANVISA保持良好的沟通是非常重要的，申请企业可以与ANVISA的工作人员保持密切联系，及时沟通和协调解决问题。

寻求支持：如果遇到较为复杂或困难的问题，申请企业可以寻求的法律顾问、药品注册代理或咨询公司的帮助，以获取的支持和建议。

通过以上措施，申请企业可以更有效地应对巴西ANVISA审批重组胶原蛋白产品提出的问题，尽快解决问题，推动审批进程顺利进行。