重组胶原蛋白申请印度注册时，通常需要准备以下证明文件和质量管理程序文件：

一、证明文件

公司资质证明：包括公司的营业执照、税务登记证、组织机构代码证等，用以证明公司的合法经营资格。

产品注册证明（如果适用）：如果产品在其他国家或地区已经注册，提供相关注册证明文件可能有助于加快印度的注册进程。

知识产权证明：如专利证书、商标注册证等，用以证明产品的技术独特性和创新性。

质量管理体系认证证书：如ISO 13485认证证书，证明公司具有符合的质量管理体系。

生物相容性和安全性评价报告：包括细胞毒性测试、皮肤刺激测试等生物学评价数据，以证明产品的生物相容性和安全性。

临床试验数据（如果适用）：如果产品已经进行了临床试验，需要提供完整的试验计划、试验报告等数据，以证明产品的安全性和有效性。

二、质量管理程序文件

质量手册：描述公司的质量管理体系，包括质量方针、质量目标、组织结构、职责和权限等。

程序文件：

产品设计和开发程序：描述产品从设计到开发的全过程，确保产品符合规定要求。

采购控制程序：规定原材料的采购过程，确保原材料的质量和可靠性。

生产过程控制程序：描述产品的生产流程和控制措施，确保产品的一致性和质量稳定性。

检验和测试程序：规定产品的检验和测试方法，确保产品符合质量标准和客户要求。

不合格品控制程序：规定对不合格品的识别、隔离、处理及预防措施，防止不合格品流入市场。

纠正和预防措施程序：针对可能出现的质量问题，制定预防和纠正措施，并持续改进质量管理体系。