印度尼西亚三类医疗器械（Class C和Class D）注册所需文件清单相对复杂且详细，以产品的安全性、有效性和合规性。以下是根据当前可获取的信息整理出的文件清单：

一、产品技术文件

产品规格和设计图纸：详细描述医疗器械的设计、结构、尺寸等。

性能规范和使用说明书：说明医疗器械的性能指标、使用方法、注意事项等。

维护手册：提供医疗器械的维护和保养指导。

设计图纸和工艺流程图：展示产品的生产工艺和流程。

二、质量管理体系文件

ISO 13485质量管理体系认证证书及相关文件：证明制造商具备国际认可的质量管理体系。

其他相关的质量管理体系文件：如内部审核报告、管理评审报告等，证明制造商具备保障医疗器械质量的能力。

三、临床试验报告（如适用）

临床试验方案：详细说明试验的目的、设计、方法、受试者招募等。

临床试验报告：总结试验过程、结果和结论，证明医疗器械的安全性和有效性。

伦理委员会批准文件：证明临床试验已获得伦理委员会的审查和批准。

四、公司文件和行政文件

公司注册证明和业务许可证：证明制造商的合法身份和经营资质。

商业身份号码(NIB)和公司税务识别号(NPWP)：用于税务和财务申报。

进口商企业营业执照（如为进口产品）：证明进口商的合法身份和经营资质。

五、其他补充资料

自由销售证明：证明医疗器械在其他国家可以自由销售，证明产品的市场接受度和合规性。

市场推广和销售计划材料：如广告或市场计划等（尽管非必需，但有助于评估产品的市场前景）。

产品标签和包装信息：产品标签和包装符合印度尼西亚的规定，包括正确的标识、警示语、产品说明等。

原材料供应商列表：提供原材料的来源和质量保障信息。

六、特别要求

东盟共同提交档案模板(CSDT)提供的制造商档案：包括执行摘要、设备标签、详细的制造商信息、安全基本原则、设计验证、风险分析、销毁方法、质量管理认证、市场历史证明等。

进口许可证（如为进口产品）：证明产品已获得进口许可，可以在印度尼西亚境内销售和使用。

七、注意事项

制造商应所有文件的真实性和准确性，避免因文件不全或错误而导致的审查延误或驳回。

印度尼西亚的医疗器械注册程序可能随时发生变化，制造商在准备文件前应密切关注相关政策法规的更新。

如有需要，制造商可以寻求当地注册代理或咨询的帮助，以注册过程的顺利进行。

以上文件清单仅供参考，具体所需文件可能因产品特性和印尼相关法规的变化而有所不同。因此，在准备注册文件时，建议与印度尼西亚国家食品药品监督局（BPOM）或当地的注册代理进行详细沟通，以文件的完整性和准确性。