手术导航系统申请香港注册时，并不存在特定的地区差异。香港作为中国的一个特别行政区，在医疗器械注册方面有着统一的标准和流程。

首先，香港的医疗器械注册由卫生署医疗器械科（MDD）负责监督，该制定了明确的注册要求和流程，以医疗器械的安全性和有效性。申请者需要按照这些要求和流程准备申请资料，并经过技术评估、质量管理体系审核等环节，才能获得注册证书。

其次，香港对于医疗器械注册的标准和要求与国际接轨，注重产品的技术规格、性能参数、安全性与效能数据等方面的审核。申请者需要提供详细的技术文件和质量管理体系文件，以证明产品符合相关标准和要求。

较后，香港还特别强调医疗器械的合规性检查，以申请者遵守相关法规和指南。在注册证书有效期内，监管将对产品进行持续监管，其持续符合相关法规和标准。

因此，无论是哪个地区的申请者，在申请手术导航系统香港注册时，都需要遵循相同的标准和流程，并提交符合要求的申请资料。申请者需要充分了解香港特别行政区关于医疗器械注册的法规、指南和标准，以产品符合相关要求，并顺利通过审核和评估。