在手术导航系统申请泰国注册时，需要准备的质量管理手册和程序文件主要包括以下几类：

质量管理手册是质量管理体系的核心文件，用于描述组织的质量方针、目标、职责和程序等。对于手术导航系统申请泰国注册，质量管理手册应包括以下内容：

组织结构和责任分工：明确组织的各部门职责、人员配置及权限划分，质量管理体系的有效运行。

质量方针和目标：阐述组织的质量理念、目标和承诺，作为质量管理体系运行的方向和动力。

质量管理体系文件的结构和目录：列出质量管理体系文件的名称、编号、版本及受控状态，方便文件的查阅和管理。

程序文件是质量管理体系的具体操作文件，用于指导和规范各项操作活动。对于手术导航系统申请泰国注册，程序文件应包括以下内容：

质量管理体系文件的编制、批准、发布和变更程序：明确文件的编制、审核、批准、发布和变更流程，文件的准确性和有效性。

质量记录的管理程序：规定质量记录的标识、存储、保护、检索、保留和处置要求，质量记录的可追溯性和完整性。

设备管理程序：包括设备的选择、购买、校准、维护和保养等，设备的准确性和可靠性。

原材料和辅助材料的管理程序：包括购买、验收、存储和使用等，原材料和辅助材料的质量符合产品要求。

生产过程控制程序：包括生产计划、生产作业、工艺流程控制等，生产过程的稳定性和可控性。

产品质量控制程序：包括产品检验、测试、验证和确认等，产品质量符合相关标准和规定。

不合格品处理程序：包括不合格品的标识、隔离、处置和报告等，不合格品得到及时有效的处理。

内部审核程序：包括审核计划、审核程序、审核报告和跟踪审核结果等，质量管理体系的持续改进和有效性。

综上所述，手术导航系统申请泰国注册时，需要准备完整的质量管理手册和程序文件，以证明制造商具有有效的质量管理体系，并产品的质量和安全性。这些文件将作为注册申请的重要组成部分，接受泰国食品药品监督管理局（TFDA）的审查和评估。