软组织超声手术系统申请俄罗斯注册时，需要准备的质量管理手册和程序文件主要包括以下几类：

质量管理手册是描述组织质量管理体系的文件，它阐明了组织的质量方针、质量目标以及为实现这些目标所采取的措施和资源。对于软组织超声手术系统而言，质量管理手册应包含以下内容：

质量方针和目标：明确组织在质量管理方面的总体方向和追求的具体目标。

组织结构与职责：描述组织内部的质量管理结构，包括各部门和岗位的职责和权限。

质量管理体系的描述：概述质量管理体系的组成、流程和相互关系，质量管理体系的有效运行。

质量管理和控制要求：包括产品设计、原材料购买、生产过程控制、产品检验和测试等方面的要求。

纠正和预防措施：规定对不合格品和潜在不合格品的识别、分析、纠正和预防的方法。

程序文件是描述组织内部质量管理活动具体步骤和方法的文件。对于软组织超声手术系统而言，需要准备的程序文件可能包括：

文件控制程序：规定文件的编制、审批、发放、修改、作废等管理流程，文件的准确性和有效性。

记录控制程序：规定记录的标识、储存、保护、检索、保留和处置等要求，记录的完整性和可追溯性。

设计和开发控制程序：描述产品设计和开发的过程，包括需求分析、设计输入、设计输出、设计评审、设计验证和设计确认等环节。

购买控制程序：规定原材料的购买流程、供应商的选择和评价、购买合同的签订和管理等要求。

生产过程控制程序：描述生产过程的控制要求，包括生产计划、生产流程、生产设备、生产人员、生产环境等方面的管理。

产品检验和测试程序：规定产品的检验和测试标准、方法、设备和人员要求，产品的质量符合规定。

不合格品控制程序：规定不合格品的识别、隔离、分析、处置和纠正措施的要求，防止不合格品的流出。

纠正和预防措施控制程序：规定对不合格品和潜在不合格品的原因进行分析、制定纠正和预防措施、跟踪验证其有效性的流程。

此外，根据俄罗斯的具体注册要求，可能还需要提供其他相关的质量管理文件和记录，如风险管理文件、产品说明书、技术规格书、临床试验报告等。制造商应密切关注俄罗斯相关注册的较新要求和指南，申请材料的完整性和准确性。