低温冷冻治疗系统申请泰国注册时，需要准备一系列证明文件和质量管理程序文件。以下是根据泰国食品药品监督管理局（TFDA）的要求，详细列举的所需文件：

公司注册证明：证明公司在泰国的合法注册地位，或证明制造商在原产国的合法注册地位（如适用）。

营业执照：显示公司的经营范围和资质，或制造商的经营范围和资质（如适用）。

公司章程：提供公司的基本架构和运营规则（如适用）。

自由销售证明（Certificate of Free Sale）：证明产品在其他国家或地区已获准销售，无需监管。

产品技术规格书：详细描述产品的技术规格、性能参数等，产品符合相关标准和要求。

设计文件：包括设计图纸、生产工艺流程图等，用于说明产品的设计原理和制造工艺。

临床试验数据或报告：针对低温冷冻治疗系统进行的临床试验数据和评价报告，用于证明其安全性和有效性。

生物相容性评价报告：针对设备使用的材料进行的生物相容性评价报告，用于证明设备与人体组织的相容性。

电磁兼容性测试报告：针对设备的电磁兼容性进行的测试报告，用于证明设备在电磁环境下的稳定性和安全性。

产品标签和说明书：产品标签需符合泰国的规定，包括产品信息、使用说明、警示语等，且需翻译成泰语。使用说明书应详细阐述产品的使用方法、注意事项等。

质量管理手册：描述公司的质量管理体系架构、职责分配、流程控制等内容，质量管理体系的有效运行。

质量控制程序：明确产品质量控制的各个环节和检验标准，产品质量符合相关标准和要求。

文件控制程序：规定文件的编制、审核、批准、发布、变更和作废等流程，文件的准确性和有效性。

生产过程控制程序：详细描述生产过程中的关键控制点和检验标准，生产过程的稳定性和可控性。

检验和测试控制程序：明确产品在不同生产阶段的检验和测试要求，包括检验方法、检验标准、检验频次等。

不合格品控制程序：规定不合格品的标识、隔离、处置和报告流程，防止不合格品流入市场。

纠正和预防措施控制程序：针对发现的不合格品或潜在问题，制定纠正和预防措施，并跟踪其执行情况。

内部审核程序：定期对公司的质量管理体系进行审核，评估其运行情况和有效性，并提出改进建议。

管理评审程序：由公司高层管理人员定期对质量管理体系进行评审，确定质量方针和目标的适宜性，以及质量管理体系的有效性。

请注意，以上列出的证明文件和质量管理程序文件仅为一般性要求，具体要求可能因产品特性和TFDA的较新政策而有所不同。在准备注册申请时，建议与TFDA或医疗器械注册咨询联系，以获取较新的要求和指导。同时，应所有文件都是准确、完整和合规的，以顺利通过TFDA的审查并获得注册证书。