低温冷冻治疗系统申请印尼注册的有效期通常为5年。注册证书的有效期从颁发日期开始计算，五年后到期。在这期间，持有注册证书的企业可以合法在印尼市场上销售和使用注册的医疗器械产品。

注册证书到期后，申请者需要向印尼BPOM（印尼国家药品和食品控制局）提交更新申请，更新证书并产品继续符合较新的法规和技术要求。更新申请可能要求申请者提供产品的较新技术文件、质量管理体系认证、安全性和有效性评估等相关文件，以证明产品的持续合规性。申请者可能需要支付相应的更新申请费用，费用金额可能会根据产品类别和注册类型而有所不同。

因此，为了保持产品在印尼市场的合法销售，企业需要定期跟踪注册证书的有效性，并在证书到期前及时准备更新申请。