体外诊断试剂申请国内注册所需的质量管理手册和程序文件主要包括以下内容：

1. 质量管理手册：这是整个质量管理体系的纲领性文件，它概述了公司的质量管理方针、目标、组织结构、职责和权限，以及质量管理体系的运作方式。手册中应包含质量管理体系的要素描述、过程控制、持续改进等方面的内容。

2. 程序文件：这些文件详细描述了质量管理体系中各个过程和活动的实施方法、步骤和要求。例如，可能包括文件控制程序、记录控制程序、产品实现过程控制程序、不合格品控制程序、内部审核程序、管理评审程序等。这些程序文件为质量管理体系的有效运行提供了具体的操作指南。

此外，在申请国内注册时，还需要提供与体外诊断试剂相关的技术文件，如产品描述、生产制造信息、技术原理、生产工艺等。这些文件应详细说明产品的性能、安全性、有效性以及生产过程的质量控制措施。

请注意，具体的质量管理手册和程序文件要求可能因国家或地区的法规和标准而有所不同。因此，在申请国内注册前，建议仔细研究相关法规和标准，确保所提交的文件符合要求。同时，与的注册咨询机构或当地药品监管部门进行沟通也是很有帮助的，他们可以为您提供更具体的指导和建议