重组胶原蛋白申请日本注册的费用主要包括以下几个方面：

1. 官方费用：这是向日本药品医疗器械局（PMDA）支付的注册费用。费用根据产品类型和注册类别有所不同，一般来说，注册1类商品或服务的费用可能在70,000~75,000日元之间。如果涉及到特殊指定商标（如药品、酒类、化妆品等），费用可能会更高，例如达到109,000日元。

2. 服务费：如果您选择聘请商标律师或代理人进行申请，那么这些服务费将不包括在官方费用中。这些费用可能会根据服务的复杂性和水平而有所不同。

3. 文件准备费用：这可能包括准备和审核所有必要的注册文件所需的费用，如产品说明书、质量控制文件、安全性评估报告等。这些费用可能因文件的复杂性和数量而有所不同。

4. 临床试验费用：如果产品需要进行临床试验以验证其安全性和有效性，那么试验的费用将是一个重要的成本。费用取决于试验的规模、持续时间以及试验中心的选择。

5. 其他杂项费用：在注册过程中，可能会涉及其他一些杂项费用，例如文档复印、快递费、翻译费等。