在重组胶原蛋白申请印度注册时，需要准备的质量管理手册和程序文件主要包括以下几个方面：

1. 质量管理体系手册：该文件应全面描述公司的质量管理体系，包括质量方针、质量目标、组织结构、职责和权限、质量管理体系过程以及质量管理体系的监视、测量、分析和改进等方面的内容。这个文件应展示公司对质量管理的全面承诺和实施情况。

2. 程序文件：这些文件详细描述了质量管理体系中的各个程序，如产品设计和开发程序、采购程序、生产程序、检验和测试程序、不合格品控制程序等。这些程序文件应确保所有操作都按照既定的流程进行，以保证产品的一致性和质量稳定性。

3. 产品技术规格和质量标准：这些文件详细描述了重组胶原蛋白产品的技术性能、质量要求、检验方法等。它们应明确产品应达到的标准，为生产和检验提供依据。

4. 生产和检验记录：这些记录包括原材料采购记录、生产过程记录、检验和测试记录等。这些记录应详细记录每个环节的操作和结果，以便追溯和分析。

5. 生物相容性和安全性评估报告：这些报告应展示重组胶原蛋白产品的生物相容性和安全性评估结果，包括相关的测试和验证数据。这些报告是评估产品安全性和有效性的重要依据。