重组胶原蛋白在国内申请GMP质量体系审核流程主要包括以下环节：

1. 申请和准备：首先，医疗器械制造企业需要向认证机构提交GMP体系认证申请。在这一阶段，企业需要提供基本信息、质量管理体系文件和相关文件，以供认证机构进行初步评估。

2. 文件审查：认证机构会对企业提交的文件进行详细的审查，以确保其质量管理体系文件符合GMP的要求。审查内容可能包括生产流程、质量控制程序、要求等。如果文件存在不足，认证机构会提出修改建议。

3. 初步评估：认证机构可能会进行初步评估，包括远程或现场访问，以了解企业的质量管理体系的基本情况。

4. 现场审核：在审核计划确定后，认证机构的审核团队会前往企业进行现场审核。这包括检查生产过程、质量控制措施和记录等，以确保其符合GMP标准。

5. 记录审核和文件审查：在现场审核过程中，审核员会进一步检查企业的文件和记录，确保它们与实际操作一致，并符合GMP要求。

6. 发现整改：如果在现场审核或文件审核过程中发现不符合GMP标准的问题，企业需要采取纠正和预防措施来解决这些问题。

7. 审核报告和结果通知：审核团队会撰写审核报告，总结其发现和评估结果。认证机构随后会向企业提供审核结果通知，并决定是否颁发GMP质量体系认证证书。

在整个审核流程中，企业与认证机构之间的有效沟通和合作至关重要。企业需要确保提供的文件和信息真实、准确，并积极配合认证机构完成审核工作。同时，企业也应利用审核结果反馈，不断完善自身的质量管理体系，提升产品质量和安全性。

请注意，具体的审核流程可能因认证机构和企业情况的不同而有所差异。因此，在实际操作中，企业应结合自身实际情况，参照相关法规和指南，制定并执行符合要求的GMP质量体系审核流程。